Действие картины разворачивается в 1999 году, задолго до появления расы Зентреди. На Земле происходит конфликт, вызванный падением инопланетного космического корабля, содержащего передовые технологии. Это событие становится катализатором войны между ООН и АнтиООН, которая продолжается уже восемь лет. В ходе боевых действий старые пилоты погибают, и их место занимают молодые летчики.
Шин Кудоу, юный пилот истребителя F-14 Tom Cat, служит в военно-воздушных силах ООН. Однако во время одной из миссий он сталкивается с противником и терпит крушение на удаленном тропическом острове, известном как Майян. На этом острове его находят местные жители и оказывают помощь.
Случайно выясняется, что остров и его обитатели имеют связь с Протокультурой, которая, вероятно, была привнесена на Землю в далеком прошлом. На Майяне наблюдаются странные энергетические явления, которые напоминают технологии, найденные ООН. Это открытие поднимает множество вопросов о происхождении этих сил и их возможном влиянии на ход войны.
Шин, оказавшись в новом окружении, начинает осознавать важность связи между его судьбой и тайнами, скрытыми на этом острове. В то время как конфликт продолжается, его жизнь и жизнь местных жителей переплетаются, открывая новые горизонты и возможности для понимания настоящего и будущего.
