Синдзи приходит в себя после долгого пребывания в коме, вызванного его попытками спасти Рэй от Ангела, который её поглотил. Теперь он оказывается в сложной ситуации: на его шее надет ошейник, сдерживающий его действия, а Мисато, Аска и другие знакомые ему лица теперь сражаются на стороне организации WILLE, противостоящей NERV.
К его удивлению, прошло уже 14 лет с момента Третьего удара, и за это время многое изменилось. Пилоты «Евангелионов», включая Синдзи, остались в подростковом возрасте из-за проклятия, связанного с их боевыми машинами. Несмотря на уверения Мисато, что Рэй больше не существует, она неожиданно появляется на новом боевом роботе серии «Марк» и спасает Синдзи из воздушного линкора WILLE.
Эта встреча ставит под сомнение все, что Синдзи знал о своей жизни и окружающем мире. Он сталкивается с трудными решениями и внутренними конфликтами, пытаясь разобраться в своих чувствах и месте в новом, изменившемся мире. Синдзи вынужден осмыслить свои действия и последствия, которые они повлекли, а также понять, как его связь с Рэй и другими пилотами влияет на их судьбы. В этой новой реальности ему предстоит найти свой путь и понять, что значит быть настоящим героем.
